CSIRO создала бессерверную систему для запросов к геномным данным на AWS

Австралийское агентство CSIRO разработало Serverless Beacon (sBeacon) — бессерверную архитектуру для запросов к геномным вариантам без копирования данных в центральную базу. Система на S3, Lambda, Athena и DynamoDB реализует стандарт GA4GH Beacon и обрабатывает запрос на 10 000 пар оснований в среднем за 1,52 секунды при стоимости около $0,00013.

• VCF-файлы остаются в Amazon S3, а метаданные индексируются отдельно через Athena и DynamoDB
• Запрос на 10 000 пар оснований занимает в среднем 1,52 с при стоимости около $0,00013
• Набор из 2504 образцов хромосомы 1 загружен за 18 секунд
• Архитектура рассчитана на 40 млн человек и 3 млрд геномных позиций